A Natura 2000 területek kijelölésének kifejezett célja az élőhelyvédelmi és a madárvédelmi irányelvben felsorolt fajok és élőhelytípusok legfontosabb előfordulási területeinek védelme. Ezek a fajok és élőhelytípusok európai jelentőséggel bírnak, mert veszélyeztetettek, sebezhetők, ritkák, endemikusak vagy kiemelkedő példái a kilenc európai biogeográfiai régió közül egy vagy több régió jellemzői fajainak és élőhelytípusainak. Összesen körülbelül 2000 olyan faj és 230 olyan élőhelytípus létezik, amelynek legfontosabb előfordulási területeit Natura 2000 területté kellett nyilvánítani.
A Natura 2000 területek ára 1-1,5 millió fortinttól kezdődik, elhelyezkedéstől függően.